Estudando o nicho, o estilo da empresa, o produto a ser vendido entre outros fatores, vc ja consegue criar o layout sem um logo definido, e no final o logo que se encaixara ao layout, mais para isso, ambas as equipes precisam estar bem conectadas e terem o sicronismo com a proposta do negócio.

Flat Design, Ui Design sao padrãoes que ajudariam e falicitariam esse exemplo citado.