Eu tenho 4 chatbots de clientes distintos utilizando WhatsappWeb-JS rodando a mais de 1 ano e até o momento nao tive problemas com suspensão de conta.

Caso opte por usar essa lib, recomendo ficar ligado no canal do discord da galera que desenvolveu, pois quando surge algum problema causada por alguma atualização da meta o fix sempre aparece por lá logo em seguida.

No geral eu curto bastante usar essa biblioteca, principalmente por ser gratuita.

Abraços.