Se deseja criar seu projecto web com java você vai precisar usar o Spring Boot. Quanto a escolha de IDE não importa muito, isso vai depender de si, mas se for usar o eclipse será muito melhor.
Estruturar e gerir um projecto é um grande trabalho, mas não é nada que não se possa fazer.
- Anote em um bloco de nota toda a sua ideia
- Para cada etapa do processo, delimite os passos para conquistar seus objectivo (algoritmo)
- Se atente a lógica de programação antes de começar a codar
- Use um repositório de versionamento (github)
- Faça uma lista de actividas ou etapas a serem executadas durante o processo de desenvolvimento.
É fundamental ter uma boa organização antes de começar a codar, se não vai ficar cansativo no meio do caminho e consequentemente vais acabar desistindo.