Meus 2 cents:

1. Existem 2 pontos aqui: a atualizacao da linguagem (de 5.6 para 8.2) e a possivel migracao para um framework (p.ex laravel ou slim)

2. Como o gestor ja colocou algo "moderno" - imagino o uso de um framework.

3. Uma opcao eh usar laravel + filamentphp: acelera a parte interna de administracao/dashboard

4. Como fazer:

   a) levanta uma VM (p.ex. virtuabox, vmplayer, proxmox, etc) com tudo novo e zerado: php, laravel+filamentphp, banco de dados, git, etc

   b) Sobe uma copia do BD nesta VM

   c) desenvolve primeiro a parte de administracao dos cadastros nesta copia - ate para voce comecar a entender o relacionamento entre as tabelas, montar os modelos, etc

   d) Escolha um cadastro (simples, p.ex. categorias) e desenvolva a solucao dele (CRUD, dashboard, etc) de cabo a rabo para entender o funcionamento da nova solucao (git, versoes, deploy)

   e) Com um CRUD funcional - e voce confortavel na atividade - continue com as demais tabelas (o suficiente para voce se sentir seguro com as ferramentas novas)

   f) O CRUD esta razoavel ? Nao precisa ser 100% das tabelas, mas o bastante para ser funcional)

   g) Com um CRUD basico, escolha uma tela de funcionalidade (p.ex. emissao de boleto) e comece a desenvolver (incluindo as regras de negocio para esta tela)

   h) veja tudo funcionando - parece OK ? Continue com novos CRUD e telas, e assim vai indo ate terminar

   i) percebeu em algum momento (principalmente no inicio) que seguiu um caminho que nao ficou legal ? Preserve o que ja fez (faz uma copia do codigo novo mas que vai ser descartado) e comece novamente do zero (sem do ou piedade), agora com os aprendizados coletados

   j) Como voce eh JR, vai fazer besteira para caramba, principalmente no inicio, escolher metodologias que mais tarde se mostram inadequadas, etc - esta eh a fase onde jogar tudo fora e comecar novamente eh normal.

   j.1) Por jogar tudo fora: criar um diretorio "lixo", colocar la e usar eventualmente para consultar o que tinha feito - antes de zerar o jogo e comecar novamente

   k) So mao mexa muito no sistema legado / atual (exceto correcoes) - qualquer coisa nele eh perda de tempo.

   l) procure usar solucoes modernas (p.ex. ACL/roles, 2FA) ja prontas no desenvolvimento

   m) Se voce usa framework (p.ex. laravel) nao reinvente a roda - veja o que ele tem pronto e use (o composer eh teu amigo)

   n) Aproveite o maximo para aprender sobre solucoes/automacoes de backend (terraform, ansible, puppet, etc) durante o desenvolvimento

Sao recomendacoes genericas - ate porque nao conheco as especificidades do teu sistema nem tua experiencia, mas eh mais ou menos por ai.