Meus 2 cents:
Tenho utilizado:
62.02-3-00 - Desenvolvimento e licenciamento de programas de computador customizáveis
62.01-5-01 - Desenvolvimento de programas de computador sob encomenda
Lembrando que uma empresa pode ter varios CNAEs (ainda que apenas um seja o principal)
A emissao de NFS-e faco via API - mas teve algumas discussoes sobre isso aqui no TABNEWS:
NF + stripe
https://pluga.co/ferramentas/nfe_io/integracao/stripe/
https://www.tabnews.com.br/CesarMasserati/nfs-e-nacional-implementacao-via-webservice-api
https://www.tabnews.com.br/gatoledo1/4bfcb7a3-3d67-46da-a950-9c1a84df6c13