Meus 2 cents:

Respondendo a pergunta especifica: como manter o codigo de cada versao (v1, v2, etc) ?

Quando tive essa necessidade, foi mantendo como voce comentou: uma pasta para cada versao especifica e o roteador (p.ex.[SLIM](https://www.slimframework.com/)) apontado para ela, usando o "use v1/crud as crudV1; use v2/crud as crudV2" para identificar as funcoes desejadas, usando um namespace diferente para cada uma.

```
|-api
  |-v1
    - crud da v1
  |-v2
    - crud da v2
```

Exemplos de namespace neste caso na propria documentacao do PHP: [Defining multiple namespaces](https://www.php.net/manual/en/language.namespaces.definitionmultiple.php)

Semelhante ao caminho apontado pelo @silvestrini no outro comentario.

Meus 2 cents: Respondendo a pergunta especifica: como manter o codigo de cada versao (v1, v2, etc) ? Quando tive essa necessidade, foi mantendo como voce comentou: uma pasta para cada ver...