Não sei bem qual stack vc usa, mas de modo geral, o que me ajuda muito é fazer um levantamento de requisitos sério primeiro e então seguir para uma file tree (no caderno, bloco de notas, voice note, mind map ou onde der pra anotar), descrevendo +/- as funcionalidades e regras de negócio. A partir dai a gente tem uma estrutura mais clara pra começar. Arquivo x será para coisa y, diretório A será para arquivos B, etc.

Já dentro de cada arquivo, uma coisa que sempre faço é separar funções e grupos de funções com comentários sucintos, mas descritivos.

Sei que são dicas bem óbvias, mas é eficiente.