Zaqueu, esse conceito de ter pre-requisitos nao precisa ser a prioridade. Pois as matriculas sao feitas pelas secretarias e elas conseguem fazer esse filtro manualmente.

Entao o indispensavel mesmo seria somente a gestao das matriculas de cada curso controladas por periodo. Outra coisa indispensavel, o cadastro do aluno precisa ter um status de matricula_status = 0 ou 1 sendo 0 para nao matriculado e 1 para matriculado. A cada semestre a secretaria ira desativar a matricula de todos os alunos com apenas um botao, eles precisam disso e gostam de fazer assim. Outra forma de controlar isso seria adicionar um campo de matricula_data_encerramento, e colocar quando a matricula sera encerrada pois precisa ser controlada a cada semestre.

Depois por ultimo, seria uma gestao financeira das matriculas, com recebimento via pix;cartao ou boleto. Para esse recursos voce pode utilizar a api da asaas que esta muito facil de integrar. Se precisar de ajuda tenho os fontes disso em asp