Não, HTML, CSS e JS não são os pilares da programação, e sim do desenvolvimento de aplicações Frontend.

A real base da programação é lógica aplicada a programação (Famosa: Lógica de programação rsrs), estrutura de dados e algoritmos. Além de saber bem a sintaxe da linguagem a qual você deve escolher.

Já sou formado, e o que mais senti falta na faculdade foi a necessidade de não programar bem, o conselho que eu dou é: NÃO SE PRENDA AS MATÉRIAS DA FACULDADE. Busque por cursos extracurriculares (é sério, leve isto a sério), pois isso vai te ajudar e muito a absorver muito MAIS das matérias da faculdade. Não se preocupe, tempo vc vai er, ciência da computação são 4 anos geralmente, você vai ter um bom tempo de amadurecer. Passado 1 ou 2 anos(eu acho 2 o ideal), recomendo procurar estágio na área, e lembre-se, durante esses dois primeiros anos de faculdade (4 primeiros períodos) você DEVE aprender a programar da melhor maneira possível, por isto eu reforço o estudo fora da faculdade, para que você eventualmente possa aproveitar ao máximo os seus estudos, as matérias de faculdade.

Por fim, não tente sair aprendendo um monte de tecnologia. Se estuda Java, se aprofunde em java, faça cursos de Java + Springboot. Se for para JavaScript, tem o React. Nada de aprender React, Angular, Vue, Svelte e os carai, não vale a pena ficar focando em um monte de tecnologia no iníco. Somente assim você vai consegur aprender a programar, ah sim, é claro.... pratique MUITOOOO, BASTANTE, até que aquilo seja natural para você, igual andar de bicicleta rsrs.

Espero ter ajudado. Um abraço e bons estudos !