Depende da necessidade, o padding é um espaço entre o conteúdo interno da div e a borda. Já a margem é um espaço entre a borda da div e o próximo elemento.

Veja a imagem: https://i.pinimg.com/originals/80/61/d8/8061d8720420a854264734eceec0db9c.jpg
Adicionei um retangulo vernde onde é mais indicado usar margem e um pequeno retangulo vermelho onde é mais indicado usar padding.

Ali onde tá o retangulo vermelho, é melhor usar padding pq é interessante deixar o conteúdo dentro dessa div um pouco afastado da borda, geralmente esse valor do padding é o mesmo pros dois lados, dessa forma o espaçamento que vai comportar o conteúdo dentro dessa div vai ter a mesma distancia dos dois lados e pode ter uma largura que se ajusta ao tamanho da div que comporta esse conteúdo.

Onde tá o retangulo verde é uma separação entre dois elementos em um mesmo nível hierarquico, então faz mais sentido usar div, até porque não tem nenhuma questão estética em relação a background ou algo do tipo. e se for usar um efeito de sombra também vai funcionar mais corretamente, já que a sombra parte da borda do elemento.

Não sei se consegui explicar direito, é dificil explicar por texto, mas espero ter ajudado