Tecnicamente MVC não usa camadas, então você pode organizar via package by feature que não tem problema, inclusive eu vejo muito o modelo mais clássico de MVC lá do Smalltalk 80, sendo organizado de forma semelhante já que tudo gira em torno do Model.

No meu ver o problema é que MVC serve para estruturar aplicações de interface gráfica, então ele é como você organiza a camada de View do sistema, e não o sistema inteiro, daí quando você começa a ter mais necessidades do que só um CRUD, o back-end que corresponde a metade do Controller, e todo o Model, claramente não cabe dentro de uma camada só sem ficar tudo desorganizado, dessa forma é melhor explorar outras arquiteturas como EBI ou Onion, e implementar organizando usando package by feature ao invés de package by layer como é feito tradicionalmente.

Outra coisa interessante que pode te interessar é Vertical Sliced Architecture que é uma abordagem em cima dessa ideia de package by feature.