MVC é uma abordagem simples e bastante eficás para projetos simples e pequenos, já que suas 3 camadas são bem definidas como:Model,View e Controler. Aliás,camadas, isso nós remete a Arquitetura em Camadas que é um modelo de dividir a aplicação em camadas de responsabilidades lógicas. O MVC é o pattern mais famoso desse módelo de arquitetura.

E respondendo a pergunta:
"Será que este é o melhor jeito ou mais eficiente de desenvolver uma API?"

Depende

Seu projeto é simples? Se sim, não existe problema algum utilizar de uma abordagem mais simples. Não adianta fazer um overengineering, em outras palavras, vai matar formiga com uma bazuca.

Seu projeto é mais complexo, que envolve regras de negócios bem definidas, relacionamentos, respondabilidades, especificações? Então, já seja melhor partir pra uma outra abordagem, utilizando um padrão de projeto mais robusto com Ports and Adapters e Clean Architecture, junto com um Domain Driven Desing para uma melhor abordagem do desenvolvimento... Todos esses padrões e abodagens ajudam bastante na hora de desenvolver um sistema maior e mais robusto...