Experiência própria

Parando pra pensar nas suas dúvidas, acabo me questionando sobre elas também, então vou dar minha opinião como estudande da área.
Gosto mais da parte da arquitetura do software (dessing patterns e padrões de projetos) do que criar interfaces, o que me leva a consumir conteúdos sobre tais assuntos.
Fazendo os trabalhos e atividades da faculdade, percebo que muitas pessoas não se interessa sobre esses assuntos e so querem fazer um código que funcione, e já ouvi muitos falar que isso deixa o código mais complicado e difícil de entender, sei que arquitetura de software não é cobrado em certas circunstâncias, mas acho importante conhecer alguns padrões de projetos, como o MVC por exemplo.
No final, esse tipo de conhecimento só é adquirido com o tempo mesmo, não é algo que se uma pessoa pode facilmente ensinar pra outra.

Às dúvida

Ralmente não dá pra exigir com que um time com níveis tão diferentes criem códigos parecidos, principalmente quando se mexe com desing patterns, pois a aplicação deles se devem de um problema específico, e pra quem tá começando é difícil identificar e aplicar o pattern certo.
Não acho que muitos arquivos atrapalhe, pelo contrário, acho que ajudam na divisão de conceitos. Eu gosto de usar e abusar da criação de pastas para definir um contexto específico para determinada funcionalidade por exemplo, assim quando preciso mexem em algo, ja sei onde ele provavelmente pode estar.
Eu não trabalho aínda, mas no ambiente acadêmico não é tão comum ¯⁠\⁠_⁠(⁠ツ⁠)⁠_⁠/⁠¯.