Vou dizer por experiencia própria, não vejo muitos projetos usando MVC com Flutter, apesar de ver muitos artigos falando sobre, ou seja, tem muita teoria e pouca aplicação. Muita gente pensa em aplicar o MVC em Flutter já que em Android nativo usa bastante, mas o Flutter é um framework multiplataforma, isso pode deixar o MVC "inflado" em alguns casos, e o uso dele pode até depender do seu conhecimento na arquitetura, portanto, que fique claro que usar o MVC não é errado.
Eu gosto de estruturar meu projeto sempre de forma clara, penso até em pessoas que não conhece o padrão MVC, por exemplo, consigam se localizar no projeto. Por exemplo:
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├── controllers
├── l10n
├── models
├── pages
├── providers
├── shared/
│ ├── preferences
│ ├── widgets
│ └── storage
├── app.dart
└── main.dart
Parando pra ver parece bastante com o MVC a primeira vista, mas isso é apenas a estrutura de pastas do projeto, a definição do MVC vai além disso.
Vou deixar aqui um projeto meu e o link de um repositório no GitHub do pessoal da Flutterando que pode ser um bom ponto de início.