Do jeito que comentou mesmo, não tem fórmula para esta migração ser automática ou algo do tipo, terá que ser manual e gradual. O lado bom é que poderá seguir as boas práticas e poderá até mitigar possíveis problemas na aplicação nova existente na antiga (ou arrumar problemas novos que não existiam na antiga, é infelizmente acontece).
Não é uma tarefa fácil, pode ser onerosa, mas ao final vai ver que aprenderá muito com isto!
Alguns links que podem ajudar na migração: