Isso é um caso simples de buffering e streaming. Vou dar um exemplo de como faria com c++ já que esse foi meu trabalho de estrutura de dados

int main(){
  data_auxiliar data_struct;
  string linha;
  string csvNomeArquivo = "call911_1.csv";
  int tamanho_arquivo = ContarLinhas(csvNomeArquivo);
  
  fstream file_input, file_output;
  file_input.open(csvNomeArquivo, ios::in);
  
  file_output.open("output.bin", ios::binary | ios::out | ios::app);

  if (file_input && file_output){
    getline(file_input, linha);
    for (int i = 0; i < tamanho_arquivo; i++){
      cout << "[OK]: Convertendo linha: " << i << " do arquivo " << csvNomeArquivo << "\r";
      cout.flush();
      getline(file_input >> ws, linha);
      file_output.write(reinterpret_cast<char*>(&data_struct), sizeof(data_struct));
    }
    cout << endl;
  }

Gostaria de lembrar que este código é incompleto para seu caso e foi retirado exclusivamente do meu repositório que foi criado exclusivamente para converter arquivos .csv

Então poderia precisar de um work around.

Mas teoricamente a prática é a mesma, tu conta o número de linhas e utiliza um for-loop com um getline para pegar cada linha e salvar depois processar e salvar