Como dev mobile o pouco que entendo de analista de sistema espero que possa lhe ajudar.
O seu backend poderia estar hospedado no msm servidor que a parte web obviamente seriam processos diferentes, longe do ideal mas possível. A comunicação sempre será o springboot conecta ao Database sobe uma apiRest e a aplicação do frontend comunica por esse caminho. Veja isso comunicação de api rest https tanto no spring como o js fazendo conexões https