Olá, J!
Achei muito bacana da sua parte vir pedir desculpas sobre o ocorrido.

Não sei ao certo o que se passou com esses apps, e como utilizo meu único celular como pessoal e de trabalho, infelizmente dessa vez vou ficar te devendo de arriscar uma instalação pra um teste prático. Mas, possivelmente seus apps podem ou ter sido infectados por uma instalação não-oficial ou maliciosa do Cordova, ou o site virustotal pode ter detectado problemas sérios em outros apps e quando viu o nome do pacote Cordova ali no seu app, já estourou um alerta.

Um exemplo é este caso aqui.

Uma recomendação que vou te dar, já que quer construir webapps baseado em sites existentes, é aprender sobre o Flutter ou React. Há uma forma de construir PWAs dessa maneira nesses dois, pesquise antes pois também não sou especialista no assunto, só estou recordando pois uma vez me surgiu uma necessidade semelhante e encontrei algumas soluções possíveis no React Native.

Esses dois são mais modernos e atualizados, e podem oferecer uma segurança um pouco melhor. O Cordova infelizmente já está bem ultrapassadinho, coitado :(
Não sei bem como está hoje, mas no tempo que busquei sobre ele já estava no finzinho da vida.