Olá!
Não acho que tenha muito segredo pra organizar os projetos, eu costumo organizar em escopos, por exemplo:
- Uma pasta para projetos do trabalho;
- Uma pasta para projetos do meu portfólio;
- Uma pasta para projetos experimentais;
- E por aí vai...
Eu gosto de organizar assim e isso me atende muito bem, espero que isso possa ter te ajudado!