Quando comecei a estudar programação, só queria aprender a fazer código e não tinha pensado nesses problemas, então estudei JavaScript primeiro e com o tempo fui vendo mais sobre Lógica de Programação e entendendo a importância dela.
Na minha opinião, se você tiver tempo, o certo é começar estudando Lógica de Programação e depois ir para uma linguagem de programação, no seu caso JavaScript. Porque ela nos ensina como funciona o processo de desenvolvimento, e está presente em qualquer linguagem de programação que você escolher depois.
Mas também acho que é possivel estudar primeiro JavaScript, ou até os dois ao mesmo tempo, já que eu fiz desse jeito.