Quando lido apenas com arquivos de configuração, prefiro usar JSON ou YAML. No entanto, se o sistema vai precisar gerenciar dados além disso, considero mais vantajoso configurar um cluster gratuito no MongoDB Atlas. É como ter os arquivos JSON, mas na nuvem e totalmente gerenciados. Em cerca de 5 minutos já está rodando, e isso ajuda a evitar problemas de escalabilidade no futuro ao tentar otimizar um sistema baseado em arquivos avulsos.

O maior ganho, no entanto, está na capacidade de identificar corretamente o melhor tipo de modelagem de dados para a sua aplicação (relacional ou não) garantindo eficiência e flexibilidade no longo prazo.

Para todas aplicações novas,
tenho preferido começar com mongodb, pq quase sempre, no decorrer do desenvolvimento, surge alguma necessidade nova e é fácil/rápido de acomodar essas mudanças numa etapa de protótipo