Ambos tem propósito diferente. Spring Boot é um framework mais opinado, já o Express te deixa livre pra organizar o projeto do jeito que você quiser. O Spring meio que te dá uma estrutura mais "certinha". Você também tem certa liberdade, mas tudo fica bem estruturado, principalmente se você for bom de Java. Já no express, cada projeto pode ficar bem diferente um do outro dependendo de como o time organiza as coisas. O Express também é mais enxuto, tendo só as funcionalidades básicas, enquanto o Spring tem mais funções nativas dele mesmo. Ex: se você quiser fazer autenticação com Express, todo o fluxo vai ficar a seu cargo. No Spring, é só adicionar a dependência e já vai ter uma maneira nativa do framework de lidar com isso.

Java (e spring boot) é mais usado em empresas grandes, como em bancos. A escalabilidade do projeto é uma preocupação constante nesses ambientes e por isso Node não é tão utilizado. Já o Node é queridinho de muita Startup, justamente porque o desenvolvimento é mais rápido. É mais importante pra eles terem uma aplicação rodando do que a organização do projeto.

Quando que um fica mais viável que o outro? Depende do dev e do ambiente. Se você for bom com Node você consegue escalar uma aplicação e se for bom com Java consegue desenvolver rápido. Há oportunidades para os dois no mercado.