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Amigo, o seu caso parece ser meio delicado mesmo. Eu peguei um caso parecido há poucos dias, mas não precisei resolver totalmente o problema pq a pessoa não precisava dos dois sistemas. E o caso era com hd. E como logo vai ser substituído por um ssd eu não quis perder tempo em tentar resolver, já que com um dos hd's o pc está funcionando normal.
Acredito que no seu caso aí só continuando fazer testes e muita observação pra tentar resolver.

Mas independente disso, eu não entendi pq vc fez toda essa manobra pra instalar os sitemas. Pq não instalou em dual boot, pro próprio gerenciador de boot te oferecer as opções de sistema em formato de menu durante a inicialização, pra vc não ter que ficar trocando a ordem de boot??

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Sim, imagino mesmo que terei que fazer mais testes.
No caso, eu não quis deixar com dual boot (não sei se realmente procede) mas ja ouvi que se um dos lados crashar ele quebra o outro tb, e como quem vai usar o "outro lado" do pc é meu filho de 7 anos, então preferi isolar pelo ordem de boots mesmo, ficando dois sistemas totalmente distintos e independentes.
No caso o ssd dele é o pricipal, para eu usar só altero a ordem momentaneamente, mas isso nao é um problema, pressionar uma tecla no start e de boas hehe.