Amigo, o seu caso parece ser meio delicado mesmo. Eu peguei um caso parecido há poucos dias, mas não precisei resolver totalmente o problema pq a pessoa não precisava dos dois sistemas. E o caso era com hd. E como logo vai ser substituído por um ssd eu não quis perder tempo em tentar resolver, já que com um dos hd's o pc está funcionando normal.
Acredito que no seu caso aí só continuando fazer testes e muita observação pra tentar resolver.
Mas independente disso, eu não entendi pq vc fez toda essa manobra pra instalar os sitemas. Pq não instalou em dual boot, pro próprio gerenciador de boot te oferecer as opções de sistema em formato de menu durante a inicialização, pra vc não ter que ficar trocando a ordem de boot??