Com a definição de uma URL canônica, você pode informar qual a pagina original do seu conteúdo, por exemplo, você tem um blog, e você apenas replicou aqui o seu post, ou seja, existem duas paginas na web com o mesmo conteúdo, com a informação da URL canônica, os mecanismos de busca ir sabe de onde vem o conteúdo original, não prejudicando de certa forma o seu blog.
Saiba como melhorar o ranqueamento das usas páginas usando a Canonical Tag