Se eu fosse criar um web app com apenas HTML, CSS e JS, eu usaria essa estrutura:
/web-app
index.html
/styles
main.css
main.js
/pages
/utils
/assets
manifest.json
service-worker.js
index.html: A página principal do web app.
/styles: Pasta que vai guardar todos os arquivos CSS que vão ser usados na aplicação.
main.css: Arquivo CSS que guarda os estilos que serão usados em todo o web app.
main.js: Arquivo JavaScript que guarda os scripts que serão usados em todo o web app.
/pages: Pasta que guarda todas as páginas do web app.
/utils: Pasta que guarda utilitários, normalmente scripts.
/assets: Pasta que guarda estáticos como imagens, vídeos, etc.
Os dois últimos, se você está criando um web app, sabe para que serve.
Espero que tenha ajudado 🤓🤙