Consegui transformar em um único arquivo utilizando auto-py-to-exe. Só precisa estar junto na mesma pasta da imagem.
Agradeço a ajuda.
Respondendo a "Sim, precisa ficar na pasta com todos os outros..." dentro da publicação Pitch: Pomodoro app feito em python
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Eu usei ele aqui e ficou muito bom! Só o que "falta" é mudar o favicon do programa. 🤙