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Este banco de dados me parece "apenas" um key/value object storage. Ele não permite queries ou filtros etc... Certo?

Sim sim, na verdade ele é bem direcionado à objetos JSON. É um sistema não muito profissional que inicialmente era só pra sanar as minhas necessidades.

Não estou querendo minimizar o trabalho feito. Me pareceu bom, útil e de fácil uso. E a funcionalidade de criptografia integrada me parece bem interessante. Mas para eu considerar um banco de dados, preciso de algumas funcionalidades que eu não vejo.

Eu nunca estudei nada sobre bancos de dados pelo fato de nunca precisar nos meus projetos então realmente não sei de nada sobre.
Sobre essas funcionalidades que você sente falta nesse pacote, quais seriam elas? Você poderia dar algum exemplo por favor? Ou se achar melhor, pode me dar uma direção para aprender sobre esse assunto e futuramente dar um upgrade no pacote.

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Claro :)
Parabéns pela vontade de aprender.

Este projeto acaba sendo parecido com um memcached, que é essencialmente um cache em memória RAM (mas com um propósito é uma utilização bem diferente). Cada objeto é referenciado por uma chave única.

Para ser um "banco de dados" (minha opinião) precisa ter funcionalidades de query, ou seja, filtro de dados. O standard de mercado para um banco de dados com objetos é o mongoDB (banco não relacional).
Há também um standard que vale mencionar, que é um banco relacional que guarda tudo em um único arquivo: sqlite (é o banco usado nas apps Android, por exemplo)

Mas não estou sugerindo implementar coisas só para se aproximar de ferramentas já existentes. O projeto como está já agrega valor, e a adição de novas funcionalidades pode aumentar a complexidade a um nível que tira o valor do projeto (ou não, depende em cada caso).
Mas se quiser aprender: olhar para os exemplos que citei e implementar algumas daquelas features é uma boa ideia.