Você pode fazer uma tabela para criar a relação ManytoMany dos usuários com as notificações, utilizando claro, apenas o Id de cada um.
Dai sim, uma coluna booleana indicando se a notificação foi aberta ou não pelo usuário em questão.
Isso ajuda inclusive a você evitar de enviar a mesma notificação mais de uma vez para o mesmo usuário.
Você pode também criar mais uma coluna que indicaria se o próprio usuário já não apagou a notificação, assim, você teria um filtro mais eficaz para "limpar" parte do banco de dados, caso haja necessidade.