Em resumo, PJ é "Pessoa Jurídica" é como se você fosse uma empresa prestando serviços pra outra.
CLT é "Consolidação das Leis do Trabalho", significa que seu contrato vai seguir as leis trabalhistas do Brasil, ou seja, você será um empregado de uma empresa, com os devidos direitos e deveres que isso implica.

Numa conta de padaria, um PJ deve ganhar o dobro de um CLT para dizerem que recebem "o mesmo salário", por conta dos impostos e demais benefícios que diferem cada modalidade.

Se quiser saber detalhadamente sobre cada coisa, sugiro pesquisar por fora, pois é bastante informação e algumas coisas estão em constante atualização.