Pra mim, isso é como escolher qual carro comprar para te levar ao trabalho. No fim, qualquer carro pode fazer isso, você vai diferenciar por gosto, conforto, preço...

No caso da linguagem, para aprender a primeira geralmente se escolhe uma popular (como JavaScript), pois o fato de ser popular significa que você vai encontrar muito conteúdo e ajuda na internet.

Dai, na hora de desenvolver, geralmente se escolhe aquela que você sabe usar.

Com o tempo, você vai descobrindo que linguagem X é melhor que a Y para determinado tipo de projeto, e você faz essa transição se achar viável. Uma vez que você domina uma linguagem, aprender a segunda é bem mais fácil (grande parte do conhecimento se aproveita), então a transição é tranquila, não é como se você fosse "começar do zero".

No meu trabalho, por exemplo, utilizamos o postgresql, mas num projeto recente meu supervisor utilizou o MySQL.
Quando perguntei o motivo da mudança ele disse "O projeto original já utilizava esse banco, então mantive pra gente ter menos trabalho na importação dos dados". Ou seja, foi uma escolha simplesmente comoda, e ótima ao mesmo tempo.