As simulações computacionais são uma janela para observar de perto aquilo que ronda o cosmos a anos luz da terra, levando em conta os dados observacionais em conjunto com alguma teoria física bem estabelecida.
Mas há alguns problemas no post, e como não posso ajudar com "site e/ou um canal ou via de estudo para aprender a programar essas simulações", então aqui vai minha contribuição.
O que se atribui ao efeito da matéria escura é (além dos efeitos de lentes gravitacionais de aglomerados de galáxias) o fato de a velocidade das estrelas, longe do centro da grande maioria das galáxias, ser consideravelmente maior do que a esperada caso a gravitação Newtoniana fosse válida para estes sistemas. Desse modo, a matéria escura contribui para acelerar as estrelas, e não desacelerá-las, como está no post. Afinal, mais matéria implica em maior atração gravitacional.
Além disso, o artigo citado não utiliza as simulações feitas para o que diz o post:
... analisar a órbita de estrelas pela via láctea e comprovar a teoria da existência de uma força que desacelera os corpos, a tão clamada "Matéria Escura".
Há várias controvérsias nesta frase, mas vamos por partes.
A matéria escura não é "clamada", e como o próprio nome diz, (há evidências de que) a ela deve corresponder algum tipo de partícula que não interage eletromagneticamente (e por isso não pode ser observada utilizando ondas eletromagnéticas (a luz)), sendo detectada apenas através dos seus efeitos gravitacionais sobre a matéria visível (estrelas e gás de poeira das galáxias).
A pesquisa mencionada não comprova a existência de matéria escura, mas sim como a modelagem morfológica da galáxia feita por eles, em conjunto com as diferentes formas possíveis de uma estrela orbitar uma galáxia, pode acomodar os dados e fazer corresponder aos efeitos atribuídos a matéria escura.
Muito legítimo o seu interesse a respeito destas simulações. Entretanto, a divulgação científica deve ser feita com precisão, para não gerar desinformação (que já está em alta nestes últimos tempos).
Faltam muitos detalhes no artigo que citou, me parece que está incompleto. Então tenho uma dica: você pode escrever para os autores solicitando detalhes, isso faz parte da colaboração na ciência. Este trabalho parece com um projeto de iniciação científica, pelo impacto acadêmico. Mas seja cordial, elogie o trabalho, mencione seu interesse nos detalhes sobre a programação.
Espero ter esclarecido algumas coisas e ajudado.