Tecnologias são boas para certas coisas, e nem tanto pra outras. Como deixou claro (fazendo gambiarras) JS não é bom pra manipulação de dados.

Você não precisa abandonar o JS naquilo que ele é bom. Mas precisa aprender a implementar outras tecnologias (Seja Python, R, Java Weka) naquilo que você mesmo viu que o JS não atende bem.

No geral, Python é mais simples que as outras linguagens e muito bom pra manipulação de dados. Mas vão ter outras coisas (que precisam de muita velocidade) que ele não atende bem e precisará implementar uma solução em C++ ou Java, por exemplo.

Não existe linguagem perfeita e é preciso se adaptar ao que cada situação pede.