Primeiramente, muito obrigado!!!

Bom... eu entendi sua pergunta de duas formas.

Se executar o comando npm install file:<destino>/<pasta>/<submodulo>/, somente as dependências deste submódulo serão instaladas?

Sim. Além disso, será adicionado como uma dependência do seu projeto, lá no package.json, e se você usar o argumento --dev esse submódulo será listado como dependencia de desenvolvimento.

Este meio que complementa o primeiro... Se executar npm install os pacotes dos submódulos listados no package.json do meu projeto serão instalados?

Sim, eles serão instalado.

OBS: Não encontrei uma forma de instalar os pacotes listados como dependências de desenvolvimento dos submódulos. Se você douber, me conta?!