Acredito que como você viu em alguns dos comentários aqui, o modelo de projetos MVC no PHP é o mais recomendo e usual isso por causa que o próprio PHP ele tem uma estrutura que pode ser construída na mesma base facilmente. Já no caso de utilização puro sem libs ou alguma frameworks eu não recomendo pois mesmo que construa uma base de uma arquitetura própria ,utilizando o modelo MVC, ela pode perder em desempenho para Frameworks como Laravel ou CakePHP. Mas caso queira entender como a base do modelo MVC ou MVP funciona é uma boa tentar construir a base e utilizar para teste e estudos.