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No java se queremos comparar duas variaveis com o "=" , muitas vezes ele retorna false, pois ele compara o endereço de memoria e não o valor em si. Para tal precisamos usar "x.equals(y)" para comparar o valor.(geralmente usado em Strings).

Esse EQ do ABAP tem a mesma função? ou ela funciona exatamente igual ao "=" porem com uma anotação diferente?

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No ABAP o = e o EQ, quando utilizados como comparativos, são exatamente iguais, somente mudando a anotação. Porém, o = pode ser utilizado para atribuição de valores também, por exemplo:

variavel_1 = variavel_2.

Qualquer dúvida, avisa aqui ;)