Particularmente, eu gostava muito do Eclipse. NetBeans era melhor para criar telas mais bonitas, mas te limita em vários recursos do codigo que foi gerado. No entando, depois do JavaFX, acho que o NetBeans ficou muito ultrapassado.
Também utilizei o IntelliJIDEA, que superou ambos, mas acredito que seja pago.
Hoje já não trabalho mais com Java, e uso o Neovim para o meu trabalho diário com Javascript.
Já vi muita configuração excelente do Neovim para o java, e se eu fosse trabalhar novamente com java, com certeza iria de Neovim.