Depende da tecnologia que você está usando e a forma que você quer fazer essas validações.

Eu estou fazendo um projeto ASP Net, nele eu faço as verificações dos dados de entrada do usuário usando filtros, nos services faço verificações de como será devolvido os dados para o controller e verificações no banco de dados.

Isso é bem relativo, por exemplo, se eu fosse fazer em java já iria mudar bastante coisa, dê uma estudada de acorodo com o que você estiver utilizando pra ver qual seria a melhor solução pra você.