Concordo com os pontos mencionados! Também acredito que um código complexo possa prejudicar um projeto em inúmeros aspectos, entretanto, um dúvida pairou na minha mente enquanto lia seu post: o que é um código complexo?
Muitas vezes eu preciso acessar códigos de companheiros de equipe para resolver alguma coisa, procurar uma informação ou entender como algo está funcionando, e, por conta de outras partes do projeto serem escritas linguagens que não são meu forte, tudo pra mim é complexo! E o mesmo acontece com as outras partes da equipe, já que cada um atua em uma área.
Sendo assim, acredito que um código complexo esteja mais ligado a escrever coisas desnecessárias, esquecendo dos princípios do Clean Code, por exemplo, deixando o código "sujo", do que comandos específicos que "ninguém" entenda.