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Olá, Lucas. O tradeoff de utilizar soft delete, é ter que aplicar uma cláusula "where" para filtrar resultados. Posso te garantir que todo ORM que implementa isso, faz exatamente o que você mencionou que não gostaria de fazer. Mesmo que não veja, está por "debaixo dos panos", não se engane.
Recomendo seguir com seus planos.
Bom trabalho ;)

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E como eu conseguiria buscar dados já deletados quando eu precisar fazer métricas? conheçe alguma maneira de contornar isso ?

O problema é que eu já vi em vários lugares pessoas recomendando não utilizar o @Where, então ainda fico meio que com um pé atrás

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Olha, o que tu pode fazer é criar um repository só para lidar com as métricas e nesse repository só retornar os dados deletados. Ou simplesmente criar um método para lidar com isso no seu repository já existente. Ou usar um builder para compor as estruturas de especialização da sua query.
Há várias alternativas e em todas elas, o "where" vai existir.
Eu não trabalho com Spring Boot, então não sei se há alguma annotation ou trait que resolva isso pra ti. Porém, mesmo que não veja, o "where" estará lá.

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